Je v súčasnosti najstarší funkčný kostol na území Starého mesta – Bratislavy. Bol posvätený
24. marca 1297. Na posviacke kostola bol účastný aj uhorský panovník Ondrej III. Posviacku vykonal biskup Jakub, vikár ostrihomského arcibiskupa Lodomira, ktorý bol tiež prítomný a ďalší štyria uhorskí biskupi, vrátane nitrianského.

V 14. storočí bol ku kostolu pristavaný aj stredoveký kláštor, ktorý bol v 17. storočí kompletne prebudovaný a postupne niekoľkokrát dostavovaný a upravovaný.

História po výstavbe kostola a kláštora

Kostol a kláštor zohrávali dôležitú historickú úlohu v rámci mesta a tiež v rámci celého Uhorska.
Od počiatku tu mala sídlo tzv. Mariánska uhorská františkánska provincia, ktorá bola najstaršou františkánskou provinciou v Uhorsku. Veľakrát sa tu počas histórie konali tzv. provinciálne kapituly
a od roku 2007 sa tu každé 3 roky opäť konajú.

Viac než 2 storočia boli bratislavskí richtári volení vo františkánskom kostole. V rokoch 1563 až 1830 hneď po korunovačných obradoch tu 19 uhorskí králi pasovali rytierov Zlatej ostrohy.

Architektúra

Kostol s priľahlými kaplnkami a kláštorom vytvárajú unikátny komplex, ktorý v sebe spája architektonické, výtvarné a duchovné umenie rôznych období. Presbytérium kostola je v súčasnosti zreštaurované v pôvodnom gotickom štýle s príjemnou gotickou nepravidelnou ornamentálnou výmaľbou okolo okien a so vzácnymi umeleckými kamenárskymi detailami z konca 13. storočia.

Na hlavnom oltári z polovice 18. storočia sú pôvodné barokové sochy sv. Štefana, 1. uhorského kráľa a jeho syna, sv. Imricha. Centrálna vitráž na hlavnom oltári zobrazuje výjav kľačiacej Panny Márie
a pri nej archanjela Gabriela, ktorý v slávnostnom postoji a geste zvestuje Panne Márii, že sa stane Matkou Spasiteľa. Vitráž je z konca 19. storočia. Pôvodný vzácny barokový obraz Zvestovania Pána
z hlavného oltára visí na južnej stene presbytéria.

Pôvodne gotická loď kostola bola po zemetraseniach, ktoré zasiahli Bratislavu v r. 1586 a 1590, prebudovaná v renesančnom štýle a táto prestavba lode bola ukončená v r.1619. Všetky oltáre v lodi sú barokové. Centrom najväčšieho oltára v lodi je gotická socha Piety zo 14. storočia, zhotovená
z mramoru . Je považovaná za najkrajšiu gotickú sochu v Bratislave.

Najkrajším umeleckým dielom neskorého baroka v lodi je kazateľnica z dielne Ľudovíta Godeho,
na ktorej nachádzame reliéfy zobrazujúce starozákonný motív Mojžiša, prinášajúceho tabule Zákona
a motívy zo života sv. Františka.

V 60. rokoch 14. storočia (cca 1367 – 1370) dal richtár Jakub ku severnej stene kostola pribudovať nádhernú gotickú Kaplnku sv. Jána Evanjelistu, ktorá patrí k vrcholným dielam gotiky francúzskeho typu na Slovensku. Reliéf Zvestovania nad impozantným portálom kaplnky bol v histórii vojnami
a ohňom úplne zničený. Tváre v rohoch portála sú pravdepodobne portréty manželov Jakubovcov.

Ďalšou kaplnkou, postavenou pri sakristii, južne od hlavnej lode je Kaplnka sv. Rozálie, pôvodne gotická (1401), dnes s barokovou a klasicistickou výzdobou.

Najmladšou kaplnkou blízko pri vstupe pri severnej stene lode je Loretánska kaplnka, nazývaná tiež Kaplnka Čiernej Madony, postavená v roku 1708, predstavujúca chudobný domček Panny Márie.
V nej možno vidieť fragmenty barokových fresiek, s veľkou pravdepodobnosťou upozorňujúcich
na morovú epidémiu (fragmenty mníšskych postáv so zvoncami v rukách), ktorá postihla mesto
v r. 1711 – 1714.

Čelná gotická fasáda bola v roku 1745 prestavaná v barokovom štýle a nad vstup bolo osadené súsošie Immaculaty s dvoma anjelmi. Vo vstupnej časti však možno vidieť zreštaurovaný fragment pôvodného gotického portálu s nápisom z mariánskeho hymnu „Monstra te esse Matrem“ – „Ukáž,
že si Matka“, čo poukazuje na mariánsky kult, historicky spätý s týmto františkánskym kostolom.